Dalam rangka Hari Santri Nasional (22/10/16) MIN Kebonagung menyelenggarakan beberapa kegiatan diantaranya apel yang diikuti oleh seluruh guru, karyawan dan siswa. Untuk mensukseskan peringatan tersebut juga dilaksanakan berbagai macam lomba diantaranya adzan dan iqomah, tahfid, hafalan asmaul husna dan fashion show busana muslim.
Berbeda dengan hari biasanya kali ini semua warga madrasah yang putra memakai sarung, baju koko dan peci, untuk yang putri mengenakan baju muslim atau gamis. Tidak lupa pula untuk fashion show putra juga menggunakan sarung.
Dalam amanatnya Rini Astuti selaku Kepala Madrasah mengingatkan pada anak-anak untuk menjadi seorang santri sejati salah satunya dengan melaksanakan Rukun Islam. Mudah-mudahan dengan peringatan Hari Santri ini semua Warga Madrasah kembali menjadi seorang santri sejati yang hanya mencari Ridho Allah SWT.